Johannes Hinterholzer studierte bei Prof. Josef Mayr und Prof. Radovan Vlatković an der Universität »Mozarteum« in Salzburg und besuchte Meisterkurse bei Peter Damm, Wolfgang Wilhelmi und Anthony Halstead. Von 1997 bis 2009 war er Solohornist des Mozarteumorchesters Salzburg und seit 2012 ist er Solohornist der Camerata Salzburg.
Als Solist trat Johannes Hinterholzer mit zahlreichen bedeutenden Sinfonie- und Kammerorchestern auf. 2006 erschien beim Label Oehms Classics eine Gesamtaufnahme der Hornkonzerte Mozarts mit dem Musiker, begleitet vom Mozarteum Orchester Salzburg unter Ivor Bolton, die in der internationalen Fachpresse großen Anklang fand. Seine Aufnahme des Hornkonzerts von Joseph Haydn zusammen mit Il Pomo d’oro unter Riccardo Minasi gewann einen Echo Klassik Preis.
Johannes Hinterholzers besondere Leidenschaft ist es, sein Wissen an junge Hornist*innen weiterzugeben. Von 2000 bis 2010 leitete er eine Hornklasse an der Anton Bruckner Privatuniversität in Linz und seit Herbst 2008 ist er Professor für Horn an der Hochschule für Musik und Theater München. Ziel seiner Arbeit an ist es, durch selbständiges und selbstbewusstes Arbeiten den höchstmöglichen Grad an technischem und musikalischem Wissen und Können zu erreichen, um damit ein erfolgreiches und erfülltes Berufsleben zu führen. Seine Studentinnen und Studenten haben Festanstellungen in vielen großen Orchestern.